Article

Article title DOCKING REALIZATION FOR MOLECULAR MODELING ON RECONFIGURABLE COMPUTER SYSTEMS
Authors A.I. Dordopulo, I.I. Levin, D.A. Sorokin
Section SECTION VI. COMPUTER COMPLEXES OF NEW GENERATION AND NEUROCOMPUTERS
Month, Year 07, 2012 @en
Index UDC 004.382.2
DOI
Abstract The paper is devoted to description of methods of task fragments optimization and adaptation of architecture of reconfigurable computer system to the structure of the solving task of docking (method of molecular modeling) hardware realization. In comparison with existing realizations, the distinctive feature of the viewed solution is all-in-one solution of complete problem of docking on reconfigurable computer system, providing coordinated functioning of all fragments of the task in a single computer system.

Download PDF

Keywords Hardware realization; docking; supercomputer molecular modeling; reconfigurable computer systems; ligand.
References 1. Молекулярная стыковка: http://ru.wikipedia.org/wiki/Докинг.
2. Романов А.Н., Кондакова О.А., Григорьев Ф.В. и др. Компьютерный дизайн лекарственных средств: программа докинга SOL // Вычислительные методы и программирование.
– 2008. – Т. 9. – С. 213-233.
3. Генетический алгоритм http://ru.wikipedia.org/wiki/Генетические_алгоритмы.
4. AutoDock. http://autodock.scripps.edu/.
5. Каляев И.А., Левин И.И., Семерников Е.А., Шмойлов В.И. Реконфигурируемые мультиконвейерные вычислительные структуры. – 2-е изд. перераб., доп. / Под общ. ред. И.А. Каляева. – Ростов-на-Дону: Изд-во ЮНЦ РАН, 2009. – 344 с.

Comments are closed.