Статья

Название статьи РЕАЛИЗАЦИЯ ДОКИНГА ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ НА РЕКОНФИГУРИРУЕМЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХ СИСТЕМАХ
Автор А.И. Дордопуло, И.И. Левин, Д.А. Сорокин
Рубрика РАЗДЕЛ VI. ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ КОМПЛЕКСЫ НОВОГО ПОКОЛЕНИЯ И НЕЙРОКОМПЬЮТЕРЫ
Месяц, год 07, 2011
Индекс УДК 004.382.2
DOI
Аннотация Статья посвящена описанию методов оптимизации фрагментов задачи и адаптации архитектуры реконфигурируемой вычислительной системы под структуру решаемой задачи при аппаратной реализации докинга – метода молекулярного моделирования. Отличительной особенностью описываемого решения по сравнению с известными реализациями является функционально завершенное решение полной задачи докинга на реконфигурируемой вычислительной системе, обеспечивающее согласованность функционирования всех фрагментов задачи в едином вычислительном контуре.

Скачать в PDF

Ключевые слова Аппаратная реализация; докинг; суперкомпьютерное молекулярное моделирование; реконфигурируемые вычислительные системы; лиганд.
Библиографический список 1. Молекулярная стыковка: http://ru.wikipedia.org/wiki/Докинг.
2. Романов А.Н., Кондакова О.А., Григорьев Ф.В. и др. Компьютерный дизайн лекарственных средств: программа докинга SOL // Вычислительные методы и программирование. – 2008. – Т. 9. – С. 213-233.
3. Генетический алгоритм http://ru.wikipedia.org/wiki/Генетические_алгоритмы.
4. AutoDock. http://autodock.scripps.edu/.
5. Каляев И.А., Левин И.И., Семерников Е.А., Шмойлов В.И. Реконфигурируемые мультиконвейерные вычислительные структуры /Изд. 2-е, перераб., доп. / Под общ. ред. И.А. Каляева. – Ростов-на-Дону: Изд-во ЮНЦ РАН, 2009. – 344 с.
6. Van Court T. FPGA acceleration of rigid molecule interactions / T. Van Court, Y. Gu, M. Herbordt // Int. Conf. Field Programmable Logic and Applications (FPL 2004). – Antwerpen, Belgium, 2004. – P. 862-867.
7. Van Court T., Gu Y., Mundada M.C., Herdbordt M.C. Rigid molecular4 docking: FPGA recinfiguration for alternative force laws // J Appl. Signal Processing v. 2006, 2006. – P. 1-10.
8. Herdbordt M.C., Gu Y., Van Court T., Model J., Sukhwani B., Chiu M. Computing models for FPGA-based accelerations with case studies in molecular modeling // Porcced. of the Reconfigurable systems summer institute (RSSI 2008), 2008.
9. Sukhwani B. Acceleration of a production rigid molecule docking code / B. Sukhwani, M. Herbordt // Int. Conf. Field Programmable Logic and Applications (FPL 2008). – Heidelberg, Germany, 2008. – P. 341-346.
10. Sukhwani B., Herdbordt M.C. FPGA accelaration of rigid-molecule docking codes // IET Computers & digital techniques (ACM-TRETS), 2009 (accepted for publication).

Comments are closed.